El documento de creación ha sido firmado por los rectores de Almería, Pedro Roque Molina; Cádiz, Eduardo Fernández Mazo; Córdoba, José Manuel Roldán Nogueras ; Huelva, Francisco José Martínez López y Jaén, Manuel Parras Rosa. La Escuela será dirigida por un Consejo Rector, integrado por los vicerrectores con competencias en doctorado en cada universidad o persona en quien deleguen y un Comité de Dirección, constituido por el director de la Escuela - que tendrá carácter rotatorio bienal entre todas las instituciones firmantes del convenio- y los coordinadores de los programas de doctorado integrados en ella, así como otros miembros de las comisiones académicas hasta alcanzar una representación paritaria entre las instituciones firmantes y representantes de las entidades colaboradoras.

Asimismo funcionará un Comité Científico, formado por expertos internacionales de reconocido prestigio que se procurará representen en su conjunto la pluralidad de líneas de investigación comprendidas en la Escuela. Ésta se financiará por las aportaciones que realicen las universidades firmantes de convenio derivadas de las subvenciones que reciban en su condición de miembros del ceiA3 y por todas las ayudas, subvenciones, patrocinio y mecenazgo, tanto públicos como privados que pueda recibir.

La Universidad de Córdoba, como institución coordinadora el CeiA3 pondrá a disposición de la Escuela las instalaciones necesarias para establecer una sede central en la que desarrollar sus actividades. El resto de las instituciones participantes pondrán también las infraestructuras necesarias para ello coordinándose  entre sí todas las sedes e instalaciones adscritas a la Escuela.